Kelab pertama Schwarzer ialah Colo Cougars yang berlokasi di Richmond, New South Wales. Schwarzer telah memulakan kerjaya profesionalnya ketika berumur 19 tahun bersama Marconi Stallions dengan menyertai National Soccer League.[3] Beliau meninggalkan kelab Sydney itu dan bermain di kelab Jerman, iaitu Dynamo Dresden dan FC Kaiserslautern. Beliau kemudian ke England untuk bermain bersama Bradford City, di mana beliau kemudian menyertai Middlesbrough pada Februari 1997.[4]

Middlesbrough

Schwarzer membuat debut bersama Middlesbrough ketika menentang Stockport County dalam perlawanan separuh akhir Piala Liga Inggeris. Beliau bermain dalam perlawanan akhir menentang Leicester City, seri 1–1 draw tetapi beliau mengalami kecederaan dan terpaksa keluar dari perlawanan. Dalam perlawanan itu, Middlesbrough tewas.

Dalam perlawanan akhir musim 2004–05 menentang Manchester City, beliau berjaya menyelamat sepakan penalti dari Robbie Fowler pada masa tambahan ketika keputusan perlawanan seri 1-1. Keputusan itu meletakkan Middlesbrough pada kedudukan ketujuh dan layak ke Piala UEFA.

Schwarzer dikhabarkan akan meninggalkan Middlesbrough pada lewat 2005 dan akan menyertai kelab baru tetapi beliau membatalkan niatnya pada 20 Januari 2006 untuk menyertai kelab baru. Ketika beliau menentang West Ham United, beliau mengalami kecederaan dan terpaksa berehat sepanjang musim. Tetapi beliau kembali semula dalam perlawanan akhir Piala UEFA menentang Sevilla. Ketika kejayaan pasukan beliau membenam Portsmouth pada 29 Disember, beliau menjadi pemain terlama Liga Perdana dalam satu kelab mengalahkan rekod Dennis Bergkamp, 315 perlawanan.[5]

Fulham

Kontrak Schwarzer bersama Middlesbrough akan tamat pada Jun 2008 dan beliau ditawarkan satu lagi kontrak baru,[6] pengurus Gareth Southgate merancang untuk memiliki seorang penjaga gol baru. Pada 21 Mei 2008, Schwarzer menandatangani kontrak selama dua tahun bersama Fulham selepas 11 tahun bersama Middlesbrough.[7] Schwarzer telah memasuki temu ramah dalam program The World Game di mana beliau mengatakan pernah ditawarkan oleh kelab Bayern Munich dan Juventus tetapi menolak kerana mereka ingin beliau menjadi posisi nombor satu penjaga gol.[8]

Schwarzer membuat debut bersama Fulham ketika menentang Hull City, tewas 2-1, tetapi beliau mengekalkan rekod bersih dalam perlawanan berikutnya menang 1-0 ke atas Arsenal dan bermain setiap minit dalam musim 2008–09. Beliau juga mengekalkan rekod bersih dalam musim 2008–09 dan dalam semua kejohanan.

Schwarzer membuat aksi terbaik bersama Fulham walaupun Fulham tangga ke-17 liga sebelum ini. Kemenangan ke atas Arsenal, Manchester United dan seri ke atas Chelsea banyak aksi menyelamat bola oleh Schwarzer. Beliau telah menerima sebagai Pemain Terbaik Fulham 2008–09 dalam tahun pertamanya bersama kelab itu.[9] Beliau juga dinobatkan sebagai "Pemain Bulanan Liga Perdana" paad Februari 2010 di mana beliau hanya dibolosi satu gol, dua menang dan dua seri bersama pasukannya pada bulan tersebut, membuatkan beliau menjadi satu-satu pemain Australia yang lakukan sedemikian.

Beliau merupakan pemain penting Fulham ketika perlawanan akhir Liga Eropah pada 2010 tetapi pasukannya tewas kepada juara Eropah, Atlético Madrid dari Sepanyol.

Schwarzer menandatangani kontrak baru bersama Fulhan pada18 Januari 2012 di mana beliau kekal bersama Fulham sehingga musim panas 2013.[10]

Schwarzer menyelamatkan tendangan penalti yang dilakukan oleh Mikel Arteta ketika masa tambahan untuk membantu Fulham seri 3–3 menentang Arsenal.[11]

Pada 5 Jun 2013, Schwarzer mengumumkan beliau akan meninggalkan Fulham selepas ketibaan Maarten Stekelenburg. Beliau berkata, "Saya telah mendengar berita ini." "Ia bukan kejutan yang hebat dan saya dilihat akan mencari kelab lain."[12]

Schwarzer merupakan salah satu daripada 12 pemain Fulham ketika pengakhiran musim Liga Perdana Inggeris 2012–13.[13]

Chelsea

Pada 9 Julai 2013, Schwarzer menandatangani kontrak selama tahun bersama musuh Fulham, Chelsea dalam perpindahan percuma. Beliau kemudian berkata,"Ia adalah salah satu kelab terbesar dan terhebat di dunia dan saya berasa gembira bersama Chelsea".[14][15]

Musim 2013-14

Beliau membuat debutnya bersama Chelsea ketika menentang Swindon Town dalam perlawanan Piala Liga Inggeris 2013–14.[16] Dalam perlawanan kedua Schwarzer bersama Chelsea, beliau bermain dengan baik dan tidak bolos ketika menyingkirkan Arsenal dari kejohanan itu, Chelsea menang 2-0 pada 29 Oktober.[17]

Pada 11 Disember, Schwarzer menjadi pemain tertua bermain di Liga Juara-Juara UEFA di mana beliau bermain dengan baik dan tidak dibolos ketika menentang Steaua București, 1-0 di mana keputusan itu Chelsea melangkah ke peringkat kalah mati.[18]

Schwarzer menjadi pemain tertua mewakili Chelsea di Liga Perdana ketika menentang Sunderland pada 19 April 2014 ketika beliau berusia 41 tahun dan 195 hari. Beliau menjadi pemain tertua dan memecah rekod yang dilakar oleh Graham Rix (37 tahun 203 hari).[19] Pada 22 April, beliau menggantikan Petr Čech selepas pemain itu tercedera pada separuh masa pertama dalam perlawanan separuh akhir Liga Juara-Juara menentang Atlético Madrid, seri 0–0.[20]

Pada 27 April beliau memulakan perlawanan menentang Liverpool di Anfield. Beliau bermain dengan baik tanpa dibolosi di mana Chelsea menang 2-0 ke atas Liverpool. Ini merupakan permainan ke-150 Liga Perdana buat Schwarzer tanpa dibolos.

Musim 2014-15

Schwarzer termasuk dalam skuad Chelsea ketika musim 2014-15[21] tetapi beliau hanya menandatangani kontrak selama satu tahun bersama kelab London itu pada 30 Jun 2014.[22]